Detergenty kationowe stosowane są jako środki antyseptyczne i odkażające. Nie wykazują znaczniejszego działania drażniącego, a ich toksyczność ogólna jest niewielka; w zatruciach łatwo jest je zobojętnić za pomocą roztworów mydeł. Działanie tych związków jest niestety hamowane przez mydło, krew, ropę itp. Detergenty nie działają na zarodniki. Zastosowane na skórę mogą wytworzyć na jej powierzchni błonę, która wykazuje silne działanie przeciwbakteryjne po stronie zewnętrznej, natomiast strona wewnętrzna, zwrócona do skóry działania takiego nie wywiera. Pod taką błoną mogą przeżywać zdolne do namnażania komórki bakteryjne. Działanie detergentów jest stosunkowo powolne. Na przykład 0,1% roztwór chlorku benzalkonium działa wolniej od 70% roztworu alkoholu etylowego. Detergenty kationowe (i inne) mogą powodować ciężkie alergiczne zapalenia skóry. Częstość występowania takich zmian jest coraz większa ze względu na częste występowanie detergentów w preparatach chemicznych do użytku domowego. Mimo tych wad grupa ta cieszy się opinią skutecznych, łatwych do stosowania i bezpiecznych środków przeciwbakteryjnych, o wszechstronnym zastosowaniu.
